บิดาของรัทเซิลเป็นผู้ดูแลและจัดการพิพิธภัณฑ์ของแกรนด์ดยุคแห่งบาเดิน เขาเข้าเรียนที่โรงเรียนมัธยมปลายในเมืองคาลส์รูเออเป็นเวลาหกปีก่อนจะเข้าฝึกงานเป็นผู้ผสมยาเมื่ออายุ 15 ปี ใน ค.ศ. 1863 เขาเดินทางไปยังเมืองรัพเพิร์สวีลริมทะเลสาบซือริช สวิตเซอร์แลนด์ เพื่อศึกษาวิชาคลาสสิก และเป็นผู้ผสมยาที่เมืองเมอส์ในเขตรัวร์ระหว่าง ค.ศ. 1868–1866 ก่อนจะเข้าศึกษาเป็นระยะเวลาสั้น ๆ ที่โรงเรียนมัธยมปลายในเมืองคาลส์รูเออและสมัครเป็นนักศึกษาสาขาสัตววิทยาที่มหาวิทยาลัยไฮเดิลแบร์ค มหาวิทยาลัยเยนา และมหาวิทยาลัยฮุมบ็อลท์ ตามลำดับ จนจบการศึกษาใน ค.ศ. 1868 เขาได้ศึกษาสัตววิทยาใน ค.ศ. 1869 และตีพิมพ์ผลงานเรื่อง ธรรมชาติและพัฒนาการของโลกอินทรีย์ (Sein und Werden der organischen Welt) ซึ่งได้รับอิทธิพลจากแนวคิดของดาร์วิน

หลังจากจบการศึกษา รัทเซิลเริ่มเปลี่ยนแปลงจากการเป็นนักสัตววิทยาเป็นนักภูมิศาสตร์ เขาเริ่มออกเดินทางไปรอบ ๆ ทะเลเมดิเตอร์เรเนียน เคยเข้าร่วมสงครามฝรั่งเศส-ปรัสเซียใน ค.ศ. 1870 และได้รับบาดเจ็บสองครั้งในระหว่างสงคราม บันทึกจากประสบการณ์ที่พบเห็นในระหว่างการเดินทางในทะเลเมดิเตอร์เรเนียนนำไปสู่การทำงานเป็นนักข่าวภาคสนามให้กับ วารสารโคโลญ (Kölnische Zeitung) ส่งผลให้รัทเซิลได้เดินทางไปยังสถานที่ต่าง ๆ มากขึ้นและยาวนานขึ้น การเดินทางที่มีความสำคัญและเป็นจุดเปลี่ยนต่ออาชีพการงานของรัทเซิล คือ เมื่อเขาได้เดินทางไปยังอเมริกาเหนือ คิวบา และเม็กซิโกในช่วง ค.ศ. 1874–1875 เขาได้ศึกษาถึงอิทธิพลของกลุ่มชาติพันธ์เยอรมันในอเมริกา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในภาคตะวันตกกลาง รวมถึงกลุ่มชาติพันธุ์อื่น ๆ ในอเมริกาเหนือ และได้ผลิตงานเขียนใน ค.ศ. 1876 เรื่อง ประวัติย่อของเมืองและวัฒนธรรมในอเมริกาเหนือ (Städte-und Kulturbilder aus Nordamerika) ซึ่งมีบทบาทสำคัญต่อสาขาภูมิศาสตร์วัฒนธรรม รัทเซิลยังได้เดินทางไปยังเมืองต่าง ๆ เช่น นิวยอร์ก บอสตัน ฟิลาเดลเฟีย วอชิงตัน ริชมอนด์ ชาร์ลสตัน นิวออร์ลีนส์ ซานฟรานซิสโก

หลังกลับจากอเมริกาใน ค.ศ. 1875 รัทเซิลได้เป็นผู้บรรยายวิชาภูมิศาสตร์ที่โรงเรียนเทคนิคในมิวนิก ใน ค.ศ. 1876 เขาได้รับการเลื่อนตำแหน่งให้เป็นผู้ช่วยศาสตราจารย์ ก่อนจะเลื่อนตำแหน่งเป็นศาสตราจารย์ใน ค.ศ. 1880 ระหว่างที่อยู่ในมิวนิก รัทเซิลผลิตหนังสือหลายเล่มและเป็นที่ยอมรับในอาชีพในฐานะนักวิชาการ ใน ค.ศ. 1886 เขาได้รับการแต่งตั้งเป็นศาสตราจารย์ทางภูมิศาสตร์ประจำมหาวิทยาลัยไลพ์ซิช การบรรยายของเขาได้รับความสนใจและมีอิทธิพลต่อเอลเลน เชอร์ชิลล์ เซมเพิล นักภูมิศาสตร์ชาวอเมริกัน

รัทเซิลเป็นผู้วางรากฐานวิชาภูมิศาสตร์มนุษย์โดยเขียนหนังสือ มานุษยภูมิศาสตร์ (Anthropogeographie) สองเล่มใน ค.ศ. 1882 และ ค.ศ. 1891 ซึ่งได้รับการตีความผิดจากนักศึกษาของเขาจำนวนมาก และมีผลต่อแนวคิดนิยัตินิยมทางสิ่งแวดล้อม เขาตีพิมพ์หนังสือ ภูมิศาสตร์การเมือง (Politische Geographie) ใน ค.ศ. 1897 ซึ่งแสดงแนวคิดของรัทเซิลเกี่ยวกับแนวคิดเลเบินส์เราม์ และกลุ่มดาร์วินนิยมเชิงสังคม หนังสือเล่มที่สามของเขา ประวัติศาสตร์มนุษยชาติ[2] (The History of Mankind) ถูกตีพิมพ์เป็นภาษาอังกฤษใน ค.ศ. 1896 และได้รับการคัดเลือกเป็นหนึ่งใน 1,100 เล่มของหนังสือที่ใช้พิมพ์หินด้วยโครโมลิโทกราฟีที่สมบูรณ์และโดดเด่น

รัทเซิลเป็นนักวิชาการที่มีความสนใจในสาขาทางวิชาการที่หลากหลาย เขายังคงทำงานอยู่ที่ไลพ์ซิชจนเสียชีวิตอย่างกะทันหันเมื่อวันที่ 9 สิงหาคม ค.ศ. 1904 ที่เมืองอัมเมอร์ลันท์ ประเทศเยอรมนี